ประวัติความเป็นมา
“วัดบุปผาราม” เดิมเป็นวัดโบราณซึ่งสร้างมาแต่ครั้งสมัยกรุงศรีอยุธยา ชื่อว่า“วัดดอกไม้” ไม่ปรากฏหลักฐานว่าใครเป็นผู้สร้าง ต่อมาเป็นวัดร้าง ในยุคต้นกรุงรัตนโกสินทร์ รัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ ๓ ท่านผู้หญิงจันทร์ ภรรยาเอกของสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาประยูรวงศ์ (ดิศ บุนนาค)ซึ่งเป็นมารดาของสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ (ช่วง บุนนาค)
ได้ทำการปฏิสังขรณ์เนื่องจากเป็นวัดที่อยู่ใกล้บ้านของท่าน ต่อมาปลายสมัยรัชกาลที่ ๓ พ.ศ. ๒๓๙๑ สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ เมื่อครั้งยังเป็นจมื่นไวยวรนาถและเจ้าพระยาทิพากรวงศ์ (ขำ บุนนาค) เมื่อครั้งยังเป็นจมื่นราชามาตย์ ได้ทำการบูรณะปฏิสังขรณ์ ในการบูรณะปฏิสังขรณ์วัดครั้งนี้ พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๔ ทรงช่วยในการบูรณะปฏิสังขรณ์ด้วย แล้วพระราชทานนามใหม่ว่า “วัดบุปผาราม”
ดังมีปรากฏในทำเนียบพระอารามหลวงว่า “วัดบุปผาราม พระอารามหลวงชั้นตรี ชนิดวรวิหาร อยู่ริมคลองวัดบุปผาราม กิ่งอำเภอบุปผาราม จังหวัดธนบุรี เดิมชื่อว่าวัดดอกไม้ เป็นวัดโบราณ พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ และเจ้าพระยาทิพากรวงศ์ช่วยกันสร้างเป็นสามส่วน พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว พระราชทานนามใหม่ว่าวัดบุปผาราม ต่อมาเจ้าพระยาภานุวงศ์ได้ปฏิสังขรณ์”เมื่อปฏิสังขรณ์เรียบร้อยแล้ว สมเด็จเจ้าพระยา ฯ ได้กราบทูลของคณะสงฆ์ธรรมยุติกนิกายจากพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว (ครั้งยังทรงผนวชอยู่) ไปครองวัด แล้วถวายเป็นพระอารามหลวง คณะสงฆ์ธรรมยุติกนิกายที่พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงพระราชทานครั้งนั้น มีพระอมรโมลี (นพ พุทธิสัณหเถระ) เป็นประธานสงฆ์จากนั้นเจ้าพระยาภาณุวงศ์ (ท้วม บุนนาค) และกุลทายาทสกุลบุนนาค ได้ทำการบูรณะปฏิสังขรณ์ต่อมา